À sa sortie en 2003, "Matrix Reloaded" a provoqué la colère de nombreux fans du premier volet. Pour Lana Wachowski, si le film a autant déçu, c'est parce qu'il prend une direction opposée à celle de son prédécesseur.
Matrix Reloaded : "le problème, c'est le choix"
Débutant quelques mois après le premier opus, Matrix Reloaded commence avec l'arrivée des héros à Sion, ville des hommes dans le monde réel où Neo est accueilli en sauveur. Un statut que le personnage incarné par Keanu Reeves n'a pas totalement accepté, ne sachant que faire pour endosser pleinement ses responsabilités, malgré la foi inébranlable de Morpheus (Laurence Fishburne) en lui.
Régulièrement confronté à une vision de la mort de Trinity (Carrie-Anne Moss), Neo craint que ce cauchemar ne devienne réalité et cherche des réponses auprès de l'Oracle (Gloria Foster). Il découvre rapidement que certaines règles de la Matrice ont évolué et que l'agent Smith (Hugo Weaving) s'est libéré de ses chaînes. Au fil de son voyage, il se rend compte de l'importance et la fragilité des choix qu'il devra faire par amour et pour stopper la guerre contre les Machines.

Si elle cartonne dans les salles obscures en 2003, récoltant près de 742 millions de dollars de recettes mondiales contre 467 millions pour le premier, Matrix Reloaded marque le début du désamour des fans envers la saga des Wachowski. Si le film est riche en moments épiques et essentiels comme le "Burly Brawl", la course-poursuite hallucinante sur l'autoroute ou encore la rencontre avec l'Architecte, il contient également des séquences souvent conspuées comme celle de la rave party à Sion.
Le point de vue de Lana Wachowski
Lors d'un entretien accordé à la chaîne YouTube DP/30 pendant la promotion de Cloud Atlas en 2012, Lana Wachowki revient sur les critiques adressées à Matrix Reloaded et Matrix Revolutions, déclarant à propos de la dimension philosophique de ces suites :
Nous avons essayé de provoquer un changement dans l'histoire, similaire à celui que vit Neo, qui passe d'un monde programmé au fait de devoir participer à la construction du sens de sa vie. On s'est demandé : "Est-ce que le public peut vivre quelque chose de similaire au cours des trois films ?"
Donc le premier film est assez classique dans son approche. Le deuxième est déconstructionniste et un assaut vis-à-vis des toutes les choses que l'on pensait vraies dans le premier. Et le troisième est plus ambigu, puisqu'il demande au public de participer à la construction de ce sens.
Une construction qui a donc pu décontenancer les spectateurs à la découverte de Matrix Reloaded. Le blockbuster ne prend pas le public par la main pour lui présenter l'univers et les dilemmes de son héros comme c'était le cas dans Matrix, privilégiant le doute et la remise en cause des acquis, à commencer par le véritable rôle que Neo doit jouer dans cette histoire.
Un tournage compliqué et sous pression
Selon le directeur de la photographie Bill Pope, si le deuxième et le troisième opus sont moins réussis, c'est aussi parce que l'ambiance n'était plus la même sur le tournage. Le premier long-métrage est un pari pour Warner, qui veut ensuite capitaliser sur la franchise.

Invité dans le podcast Team Deakins en 2020, le chef opérateur explique :
Tout ce qui était bien au cours de la première expérience ne l'était pas dans les deux dernières. Nous n'étions plus libres. (...) Il y avait beaucoup de pression. (...) Il y avait beaucoup de frictions et de problèmes personnels, et honnêtement cela s'est ressenti à l'écran. Ce n'était pas ma meilleure période, et ce n'était celle de personne.
Les Wachowski avaient lu ce foutu bouquin de Stanley Kubrick : "Les acteurs ne jouent pas naturellement tant qu'ils ne sont pas épuisés". Donc, c'est parti pour une 90ème prise ! Je veux déterrer Stanley Kubrick et le tuer.
Associée à l'exigence des Wachowski et aux nombreux problèmes survenus pendant la production, parmi lesquels le décès de la chanteuse Aaliyah à seulement 22 ans, la durée du tournage (près de 280 jours pour les deux suites) qu'il juge trop longue a fini de tuer Matrix Reloaded et Matrix Revolutions d'après Bill Pope.