Alors que le Sidonia poursuit sa route à travers l'espace et continue son combat contre les Gauna, Norio Kunato réveille par hasard "l'âme" d'Ochiai, un scientifique autrefois banni par le Comité à cause de ses expériences. Dans le même temps, Nagate Tanikaze se découvre une nouvelle rivale qui lui rappelle étrangement Shizuka Hoshijiro : Tsugumi Shiraui.
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